Caricare il programma su Arduino è possibile tramite un programmatore esterno o più semplicemente tramite il bootloader.

Un processore quando viene alimentato, deve trovare in memoria delle istruzioni adeguate. Normalmente il processore, se nuovo, non ha nulla di ciò. Serve quindi uno strumento per caricare in memoria (la memoria flash che mantiene i dati anche a dispositivo spento). Spesso si usa un programmatore, uno strumento esterno in grado di fare operazioni di scrittura del programma sulla flash. Questo metodo non è molto pratico, specie per lo sviluppo hobbistico.

Arduino adotta una soluzione detta di bootloader. Il processore sulla scheda non è completamente senza programmi, ma è preconfigurato con una procedura in grado ci gestire la porta seriale (USB), ricevere dei comandi e scrivere il programma in memoria.

Allo scopo l'IDE, quando viene installato, predispone alcuni driver USB in grado di colloquiare con la porta USB di Arduino.

Per scaricare il programma basta collegare Arduino ad una USB, attendere che questa venga correttamente riconosciuta, configurare in IDE la porta USB/seriale (Strumenti -> Porta)

e cliccare sul manu Sketch -> Carica.

Completato il caricamento, se tutto è stato fatto correttamente, il programma parte automaticamente e, nel caso del semplice esempio presentato, il led lampeggia!!.